Na začátku CST stojí osteopat John Upledger, který v 70. letech 20. století zkoumá kraniální osteopatii, kterou ve 30. letech 20. století vymyslel William Garner Sutherland. Při pohledu na vypreparovanou lebku Sutherlanda zaujala myšlenka, že lebeční švy spánkových kostí v místě, kde se stýkají s temenními kostmi, jsou „zkosené jako žábry ryby, což naznačuje kloubní pohyblivost pro dýchací mechanismus“. Vytvořil teorii o tom, jak centrální systém mezi craniem (lebkou) a sacrem (kostí křížovou) a jejich pohyb v tekutinách ovlivňuje lidskou bytost. Domníval se, že lebeční kosti ve skutečnosti nejsou srostlé, ale že se pohybují a že tento pohyb indikuje respirační (dechový) systém. Stejně tak vytvořil teorii o síle, která pohybuje potencí (bioenergií), tekutinami, tkáněmi a kostmi. Tyto pohyby mají být způsobeny pohybem základní životní síly, kterou nazval „dech života“, a jsou údajně projevem základních samoléčivých a samoregulačních sil v těle. Základní koncepty kraniální osteopatie a CST jsou v rozporu se známou anatomií a fyziologií lidské lebky, mozku a páteře.

V letech 1975 – 1983 John Upledger a neurofyziolog a histolog Ernest W. Retzlaff působili na Michiganské státní univerzitě jako kliničtí výzkumníci a profesoři. Sestavili výzkumný tým, který dále studoval Sutherlandovu teorii pohybu lebečních kostí. Upledger a Retzlaff publikovali své výsledky, které interpretovali jako podporu jak konceptu pohybu lebečních kostí, tak konceptu lebečního rytmu. Pozdější nezávislé recenze těchto studií dospěly k závěru, že nepředstavují skutečný důkaz pro účinnost kraniosakrální terapie ani pro existenci pohybu lebečních kostí.

John Upledger přirovnával CST ke kraniální osteopatii a napsal: „Objev Dr. Sutherlanda týkající se pružnosti lebečních švů vedl k počátkům výzkumu, který stál u zrodu kraniosakrální terapie – oba přístupy ovlivňují lebku, křížovou kost a kostrč – tím podobnosti končí.“ Současní kraniální osteopati však z velké části považují obě praxe za stejné, ale „kraniální osteopatie byla vyučována neosteopatům pod názvem kraniosakrální terapie“.

• Kraniosakrální osteopatie je velmi jemná osteopatická technika. 
• Pracuje s konceptem pohybu mozkomíšního moku od lebky (cranium) ke křížové kosti (sacrum) a zpět. Mozkomíšní mok je uváděn do pohybu třetí mozkovou komorou.
• Terapeut používá pro práci tlak asi pěti gramů (hmotnost pětikoruny) a jemně tak povzbuzuje autoregulační mechanismy lidského těla k uvolnění spazmů, blokád a restrikcí v tělesných tkáních. 
• Kraniosakrální osteopatie pracuje primárně s kostmi a protože se ke kostem upínají povázky (fascie), které protkávají celé lidské (i zvířecí) tělo, dochází tak k uvolnění ve všech orgánových systémech.
• Kraniosakrální osteopatie pracuje zejména s kostmi lebky, křížovou kostí a kostrčí. Při práci jsou zapojeny membrány oddělující jednotlivé části mozku od sebe, i povázky celého těla, mozkomíšní mok s cévním systémem mozku a také s tekutinový systém celého těla. 
• Během ošetření se uvolňují blokády – traumata, která vznikla během života. Po uvolňění se často vyplavují do těla toxiny, které byly „drženy“ v blokádách. Ošetřovaný tak po ošetření může pocítit nepříjemné stavy, např. únavu.
• Kraniosakrální osteopatie nemá věkové omezení – lze ji provádět u novorozenců i seniorů
• Kraniosakrální osteopatie nemá ani zdravotní omezení – lze ji provádět u lidí zdravých i nemocných i v případech mentálního nebo fyzického handicapu.
• Indikace pro kraniosakrální osteopatii neznají hranic.

Ošetření probíhá tak, že klient leží oblečený na lehátku v pohodlné poloze a terapeut mu přikládá ruce na nebo pod tělo. Zůstává s ním ve velmi lehkém a hranice respektujícím kontaktu. Proto je doporučováno přijít v pohodlném oblečení, nejlépe bez kapuci a pásků.

Ošetření vnímáte jako relaxaci a uvolnění, kdy se nejprve zklidní nervový systém. Uvolnění postupně s podporou terapeuta prohlubujete. Ošetřující používá doteku rukou k naslouchání jemných rytmů ve vašem těle. Dotek se děje velmi jemným a respektujícím způsobem. V různých fázích můžete pozorovat reakce vlastního těla.